Anche se esistono vestigia che lo fanno risale al paleolitico, è nel 1077 che appare il toponimo “Caliciano”. Nel 1142 il feudo entrò in possesso di Enrico I del Carretto, seguendo le sorti del Marchesato del Finale.
Malgrado il legame di famiglia, Marco del Carretto, signore di Calizzano tradì Galeotto del Carretto, signore di Finale, durante la Guerra che quest’ultimo aveva intrapreso con la Repubblica di Genova.
Per punizione, il borgo venne dato alle fiamme dai finalesi e il famoso castello distrutto, e il feudo conquistato dal marchese Galeotto. A metà del XVI secolo vengono costruiti il convento dei Domenicani e la chiesa dell’Annunziata, e ampliata la Chiesa di San Lorenzo.
Nel 1572 il feudo seguì il destino del marchesato finalese, venendo conquistato dalle truppe di Filippo III di Spagna. Pedro de Toledo fu il nuovo governatore spagnolo di Calizzano. Nel 1631 la peste bubbonica colpí ferocemente il paese. Il dominio spagnolo terminò nel 1713, col trattato di Utrecht.
Il trattato stabilì la fine del dominio spagnolo e il passaggio alla repubblica di Genova.
Nel 1797 il borgo fu terreno di scontri tra l’esercito di Napoleone e quello austriaco. Con la vittoria napoleonica cominciò la dominazione francese e Calizzano fu incluso nella Repubblica Ligure. Nel 1861 Calizzano entrò a far parte del Regno d’Italia.
Durante la seconda guerra mondiale Calizzano fu territorio di partigiani, che diedero vita ad azioni di resistenza, incluse alcuni episodi controversi.
Nel dopoguerra il borgo divenne meta turistica estiva, soprattutto per i genovesi, in cerca di refrigerio.
Nel ventesimo secolo Calizzano venne incluso nella provincia di Savona e dal 1973 al 2011 ha fatto parte della comunica Montana Alta Val Bormida.